4月10日，日台渔业谈判在中断了4年后重新启动，双方签署了《日台民间渔业协议》。根据该协议，在日本专属经济水域内的部分地区，日台双方不能对彼此的渔船执法等。日台渔业谈判是从1996年开始启动的，4年前，受台湾声称拥有冲绳县尖阁诸岛（台湾称"钓鱼台列屿"）主权等问题影响谈判陷入中断。去年11月起，日台开始举行预备性会议，为重启谈判铺路。
　　
　　双方签署渔业协议的背景主要有两个方面：一个是本月下旬起将进入金枪鱼的捕捞旺季，所以需要尽快制定作业规则，避免双方渔船发生摩擦；另一个是中国的海监船频繁出入日本领海，该地区局势趋于紧张。
　　
　　根据双方已经基本达成一致的《日台民间渔业备忘录》，日本将把本国的专属经济水域划分为2个水域，分别是"法外水域"和"特别合作水域"。"法外水域"不适用渔业相关法律法规，日台不能对彼此的渔船执法；"特别合作水域"适用渔业相关法律法规，但日台在该水域内要最大限度地尊重对方的渔业作业。此外，备忘录还划定了2个水域的具体范围。
　　
　　此次签署协议后，台湾方面能够在自己声称拥有主权的岛屿周边海域捕鱼，而且台湾在自己划定的界限以外的部分海域也将享有渔业权。双方都没有谈尖阁诸岛的主权问题，台湾的马英九政权把岛屿主权和渔业权分开对待，先确保了渔业权这一实际利益。
　　
　　同样声称拥有尖阁诸岛主权的中国大陆一直在呼吁台湾与大陆联手抗衡日本,而日本政府则希望通过在持续多年的渔业谈判中与台湾达成协议来阻止中国大陆和台湾联手。台湾一直表示在尖阁诸岛问题上不会与大陆合作。这是因为马英九政权一直以来在不断地改善两岸关系，增进两岸经济联系，如果事事都与大陆站在一边，对台湾不具有积极意义。台湾尤其看重的是它的安保后盾美国。台湾不想被美国认为台湾和大陆在尖阁诸岛问题上联手加剧地区紧张，不想招致美国不满。
　　
　　鉴于日本与台湾昨天缔结了《日台民间渔业协议》，台湾总统马英九11日会晤了日本与台湾的联络机构"日本交流协会"会长大桥光夫。马英九高度评价这一协议将拓宽台湾渔民的渔业权益，是一项"历史性成就"。
　　
　　马英九还强调了台湾在岛屿主权问题上绝不让步的立场。他说："本次协商没有涉及岛屿主权问题，希望今后就此开展协商。"
　　
　　台湾内部有意见批评《日台民间渔业协议》是用主权换取渔业权。据认为，马英九总统的这一发言是对上述批评的一种回应。
　　
　　马英九总统一直强调搁置争议、共同推进资源开发。估计此次与日本签署渔业协议也是为了向国际社会宣传台湾愿和平解决摩擦的立场。