在抗战时期临时组建的西南联大，当时中国的文化巨匠几乎都云集在那里。

　　当时，陈寅恪和傅斯年都先后到了昆明，傅斯年就住在陈寅恪楼下。当时日机对昆明轰炸正酣。为了逃避轰炸，傅斯年命人在楼前挖了一个大土坑，上盖木板以作防空之用。住在三楼的陈寅恪为此专门作过一副带有讥讽意味的对联：“见机而作，入土为安。”每次警报一鸣，世人皆力争上游向防空洞奔跑，这个时辰，身体衰弱的陈寅恪不仅右眼失明，左眼也已患疾，视力恍惚，步履极为艰难。陈寅恪本人有睡早觉和午觉的风俗，傅斯年怕陈寅恪听不到警报，或听到警报因视力不济遭受伤害，每当警报响起，世人大喊小叫地向楼下冲去，傅斯年却摇摆着瘦削的身躯，不顾自己极其严峻的高血压和心脏病，喘着细气，大汗淋漓地向楼上急奔，待跑到三楼把陈寅恪扶持下来，送进自己挖的防空洞。号称“大炮”，不把任何人放在眼里的傅斯年，竟对陈寅恪如此敬服庇护，一时在昆明学界传为美谈。

　　因为一直过着颠沛流离的旅途生活，不仅仅陈寅恪的学术研究很受影响，而且身体状况每况愈下。但是，他依然坚持讲两晋南北朝史、隋唐史专题和元白诗研究等。当时历史系教授姚从吾先生有言曰：“陈寅恪先生为教授，则我们只能当一名小助教而已。”

　　至今，我们依然能够从联大师生的回忆文章中，领略陈寅恪先生讲课的情境。陈寅恪住在青云街靛花巷的青园学舍楼上。当时西南联合大学的教室在文林街的昆华北院和北门外临时修建的简易校舍，距离陈寅恪先生住处很远。他上课经常抱着用黑布包袱包着的一大包书。因为他在上课时要引证很多史料。

　　他早进入教室后，打开所携带的包袱，把一本一本的书拿出来，然后细心地把需要的主要史料一条条一字不漏地写在黑板上，供学生抄录。他总是用工整的粉笔字写满整个黑板，然后坐下来，开始逐条逐条地讲解。

　　他经常告诉学生，有一份史料就讲一分话，没有史料就不能讲，不能空说。给学生指导论文的时候，他总是预先警告，文字务必精简，若太冗长，必有浮滥。为人师表，他身体力行，以身作则，在讲课的时候，总是凭借史料说话，在提出了充分的史料之后，他才会讲课，这形成了他多年的教书习惯。

　　在联大，陈寅恪每学年都开两个课程，一是文学课程，二是史学课程，每个课程每次各两个小时。但课程名目内容每年都有不同。史学课程是“魏晋南北朝史”与“隋唐史”交替。联大的第一年，开的是“魏晋南北朝史”，在大西门外昆华农校大楼西北角楼上与公路隔墙相对的一间教室上课。在课堂上，他安排的课程都是专题研究性质的，只讲授自己在课程范围内的研究成果，对于一些自己已经写成论文发表了的，他就不再重复了。

　　陈寅恪对于中国历史已经熟谙于心。尤其对于魏晋南北朝史，他的研究更是无人能比。在讲第一课的时候，陈寅恪就讲了一个东晋南渡的故事，借以表达自己的学术良心。他认为，中华民族历史上的几次南迁，都以最后的亡国而告终，他讲这个故事，正是表达了他作为一个历史学家对民族未来前途的忧虑。

　　在联大期间，物资极端匮乏，住所极其简陋，生活条件十分艰苦，而且他又体弱多病，但是陈寅恪一直坚持教学和研究，成就不菲。1937年到1938年间，他在授课之余还完成了着名的学术论文《逍遥游向郭义及支遁义探原》、《敦煌石室写经题记汇编序》、《狐臭与胡臭》、《论李怀光之叛》、《庾信哀江南赋与杜甫咏怀古迹诗》、《陈垣明季滇黔佛教考序》、《顺宗实录与续玄怪录》、《读洛阳伽蓝记书后》等名作。

　　同时，他以手边幸存的眉注本《通典》为基础，开始动笔起草《隋唐制度渊源略论稿》。让人痛心的是，书稿完成之后，在寄往上海商务印书馆的路途中遗失。后来他又根据草稿整理出新的书稿，交由香港商务印刷，却又遭到了日寇的烧毁。今天存世的重庆商务出版的版本，是后人根据有关资料凑成的，已经不是陈寅恪的原稿。

　　《隋唐制度渊源略论稿》为若干专题的综合研究，包括《礼仪》（附都城建筑）、《职官》、《刑律》、《音乐》、《兵制》、《财政》，加上《叙论》和《附论》，一共八章。涵盖了魏晋南北朝史、隋唐史、民族学、社会学、考古学、文化史、语言文字学等与中古史相关的诸多领域，显示了陈寅恪对中国传统文化内涵、中西文化的关系、种族与文化的界定、胡化汉化的实质等问题的高屋建瓴。全书的主旨正如《叙论》中所言：“兹综合旧籍所载及新出遗文之有关隋唐两朝制度者，分析其因子，推论其源流，成此一书。”

　　陈寅恪在西南联大的几年中，不论是对于学生来说，还是在那里任职的教授，他始终是联大偶像级别的人物。当时任联大文学院长的冯友兰先生就对陈寅恪钦佩之至。每当陈寅恪上《中国哲学史》课的时候，冯友兰总是跟随着陈寅恪从休息室里出来，一路上边走边听，一直走到教室门口了才分开，目送陈寅恪走上讲台，自己在台下选择一个位置坐下，一丝不苟十分认真地做笔记。到了晚年，冯友兰先生在回忆那段时光的时候，总是称陈寅恪为旷世奇人，自己心仪已久。

　　刘文典此时也在联大任教，他对于陈寅恪也是尊敬有加，认为陈寅恪是西南联大最有学问的教授之一，是国宝级别的人物。刘文典是现代杰出的文史大师，校勘学大师与研究庄子的专家，曾经任北京大学教授、安徽大学校长、清华大学国文系主任。以他的资历，对陈寅恪有这样的评价，足见陈寅恪当时在中国文化学术界的地位与成就。

　　1940年的春节，陈寅恪独自一人在昆明度过。他这样感叹当时的生活情境：“淮南米价惊心问，中统银钞入手空”。

　　当时日军的空袭是很经常的事。有一次遇到日军空袭，当防空警报响起的时候，正在上课的刘文典带着学生往防空洞跑。快跑到洞口的时候，突然想起陈寅恪视力不好，跑路不方便。他立即带领几个学生返校寻找陈寅恪。当发现陈寅恪正在人群中乱摸的时候，立刻对学生喊：“保护国粹要紧，保护国粹要紧。”然后几个人一起，架起陈寅恪就往防空洞跑。直到看着陈寅恪进了防空洞，刘文典才放下心来。

　　这时候，只见他平昔鄙视的新文学作家沈从文也在向防空洞奔跑的人流中，便顾不得自己气喘如牛，站住呵叱道：“你跑什么跑？我跑是在替庄子跑，我要死了，就没人讲《庄子》了！你替谁跑？”

　　据说向来秉性狷介的刘文典，还给身旁的教授估薪水：陈寅恪值四百大洋，他值四十，朱自清值四块，沈从文最低，连四毛钱都不值。