刘瑾死后皇帝让八虎之一的魏彬执掌司礼监，而不是让二号人物张永负责，可见武宗对于斗倒刘瑾的张永也是颇为忌惮。司礼监如此，内阁仍是由李东阳任首辅，跟刘健、谢迁不同的是，李东阳比较圆滑，他懂得如何在表面上维护士大夫的清誉，但是私底下与皇帝保持一种良好关系，为此刘东阳也遭到同僚们的辱骂。刘瑾倒台后，内阁中跟刘瑾关系密切的阁臣被驱逐，代之而入的是刘忠、梁储，文官与宦官的关系似乎渐行渐远，虽然刘瑾倒台，但此时也不是正德初年的时代，文官已经不可能再像从前那样肆无忌惮。
　　
　　很快明朝爆发刘六、刘七的“起义”，这场起义是16世纪中国境内最大的起义，从15世纪绵延至16世纪的自然灾害导致北方的大批自耕农破产，这些破产的自耕农要么成为流民，要么成为盗匪。从起义的原因我们可以看出正是政府的不作为，官府对底层民众的轻视所导致的，孟子的民本思想并没有被天朝的士大夫们认真贯彻，对待底层民众他们甚至比谁都狠。
　　
　　正德六年（1511年）七月，刘六、刘七的起义军逼近京师，京城宣布戒严，十月，义军攻破山东济宁，焚烧了运河上的1000余艘漕粮，被焚毁的船只又阻塞运河，刘六、刘七的大军横亘北方数省，如入无人之境，沿途流民纷纷加入，兵锋直指长江。明武宗朱厚照命惠安伯张纬、都御史马中锡率京营前来镇压，缺乏训练和作战经验的京营在义军面前不堪一击，九月份，明武宗朱厚照终于接受了兵部侍郎陆完的建议，调边军镇压，这在明王朝历史上是第一次，边军由于长年驻守边疆，作战能力远胜于京军，由于边军关系到帝国的边防，轻易不调动，虽然此举开调动边军先河，但朱厚照还是批准了这一提议。朝廷采取逐个击破的政策，先攻杨虎，再逼刘六刘七到长江，与正德七年八月最终平定。
　　
　　刘六、刘七的起义不应该被单纯看待，除了骚乱外，它还直接导致正德朝的军事变革，虽然文官否认这一点，但它的确对帝国的军事改组有着非凡的意义。首先，它使得边军的调动成了正常化，1592年北部边境的边军开赴朝鲜战场，1618年同样是北部边境的边军开赴萨尔浒战场，其次，它扩大了军队之间的交流，增强了军队的活力。
　　
　　锦衣卫钱宁功夫了得，他能双手开弓，他还能经常给皇帝引荐一些新鲜玩意儿，不知从哪里经常弄来一些豹子、老虎，皇帝非常喜欢钱宁，此时的钱宁俨然成了豹房总管。1512年的战争结束后，钱宁给皇帝引荐了一个新人——江彬，江彬是宣府的一名把总，此次平叛江彬也在征调之列，江彬作战勇猛，但劣迹斑斑被文官多次弹劾。不知道江彬如何与钱宁认识，钱宁将江彬的故事讲给朱厚照听，说江彬在淮河与叛军作战的时候，面部中箭，拔出剑来继续战斗，朱厚照听完大为崇敬。
　　
　　钱宁将江彬带到豹房来了，当江彬来到豹房后，人们发现武功已经不是他的强项，他的强项是讲故事。这位江彬绘声绘色向朱厚照描述战斗中的故事，这些故事引起了朱厚照极大的兴趣，尤其是在草原上带兵征战的那种景象在年轻的朱厚照心中产生神往。除了会讲故事，江彬对军事管理也有一套，他向皇帝详细分析了此次平叛的得失，表达了国家的军事体系急需改组的事实，对于此，皇帝也是感同身受。江彬提出一个大胆的想法，那就是将京营与边军互调，将少量边军调往京畿，巩固京畿的防务，然后将部分京军调往边关加以历练。皇帝对于江彬的提议非常赞同，当年底，皇帝便着手此事。此事遭到了李东阳的激烈反对，他说京军缺乏实际战斗经验，难以抵挡蒙古人攻击，而且边军难以约束，如果调到京城来会影响京城的治安，李东阳拒绝起草调动军队的命令。而皇帝却绕过内阁和兵部直接发布诏令调动军队，这一行为不仅违反了文官集团定下所谓的“祖制”，更是违反了文官统兵的制度。
　　
　　本来此时明王朝各地的边军由总兵统领，调兵权在兵部，皇帝能直接调动的只有锦衣卫和御马监，京营由外廷掌握，内廷监督，皇帝并不能直接控制，对于边军皇帝也并无直接调动的权力，但正德皇帝却轻易打破这一制度，我们可以认为这是正德皇帝试图排除文官的又一次尝试，他想通过这种方式拉近本已疏远的皇帝与军队之间的关系。
　　
　　李东阳又一次以辞职抗议，皇帝仍是没有批准他的辞职。正德八年（1513年）二月，3000名宣府边军奉命调至京城，皇帝将他们搞到北京城内，拆毁了皇宫西边的一些房屋，这些军队挨着豹房住了下来，朱厚照将这支军队视作自己的私人军队，从此他又有事情干了，那就是看这支军队出操、训练，看江彬如何排兵、布阵，正德在学习军事，为将来上战场做准备。
　　
　　正德皇帝朱厚照完全将这里模拟成了战场，他身批甲胄巡阅三军，他还搞来一些帐篷搭在那里，他宁愿住在帐篷里而不愿意住在行宫内，他认为住在帐篷里才有战场上的真实感觉。皇帝需要敌人，没有敌人就体验不到真正战场的感觉，他让人将关在笼子里的老虎、豹子放了出来，朱厚照手拿武器亲自跟这些野兽搏斗，江彬站立在一旁，一旦发生意外他好出手。意外终是发生了，朱厚照被老虎的爪子抓伤，朱厚照终于歇了下来，他明白再这么折腾下去迟早会把小命折腾掉了。
　　
　　朱厚照并没有完全歇下来，虽然暂时不能进行军事活动，但还能进行其他活动。不久，朝中大臣就听说皇帝经常在京城不该出现的场所留宿，群臣纷纷上书要求朱厚照对此做出解释，正德皇帝自然是置之不理。
　　
　　豹房的帐篷内不仅有甲胄，而且还有炸药、佛朗机火炮，这些炸药依然是军事演习用的，北京城内的居民不仅能听见战马的嘶鸣声，而且还能听见隆隆的炮声，这真是一个奇怪的年代。皇帝喜欢花灯，豹房内到了夜晚到处都是悬挂的花灯，照的整座行宫亮堂堂的，事故发生在新年的灯节那天，正德九年（1514）正月，紫禁城内的乾清宫———皇帝起居的主要场所发生火灾，帝国最高决策中枢遭遇回禄，全被烧毁。对这次火灾，《明史》只简单地记载一行字：“九年春正月庚辰，乾清宫灾。”而另一些文人在笔记中记载得很详悉，谈迁在《国榷》卷四十九记载：“武宗正德九年，正月庚辰。乾清宫火，宁王宸濠献灯，命献者入悬。皆附柱壁。灿甚。所贮火药偶勿戒，延烧宫殿。上往豹房，回顾火焰烛天，大乐之。”据说朱厚照看着这冲天的火光说道：“好一棚大烟火也。”
　　
　　此事又引来言官的激烈弹劾，朱厚照对付文官也有办法，他经常对官员说要举行重大活动，然后让这些官员一等就是几个钟头，甚至是一天，或者半夜将这些官员叫出来接见。朱厚照的举动令文臣们越来越无法容忍，他去城南的南海子皇家猎场打猎，将猎获的猎物作为他的战利品分给文官，文官们拒绝接受。
　　
　　朱厚照早已厌倦了北京城的生活，江彬劝他到宣府居住，那里无拘无束、自由自在，而且宣府也是一个热闹的地方，有比北京城更多的乐师和漂亮女人，最重要的是那里可以看见真实的军队跟蒙古骑兵的战斗，直接控制军队，朱厚照早有此想法，但问题是如何出去。
　　
　　正德十二年（1517年）八月，正德皇帝朱厚照换上便服，带着几个随从骑马从德胜门溜出北京城直向昌平奔去，文官们很快知道了情况便骑马火速追赶，半路上追上皇帝，官员们生拉硬扯，朱厚照就是不愿意回去。
　　
　　虽然摆脱了文官的纠缠，但当朱厚照抵达居庸关的时候他傻眼了，无论他如何喊门，守关的御史就是不开门，无论他如何在关下声明自己是皇帝，守关御史就是不开门，其实文官集团也明白，不能让皇帝去边关，那样就更不好控制了皇帝了。无奈之下，朱厚照只有返回京城。
　　
　　一个月后，朱厚照打听到那位守关御史近期要出关巡视，便和随从乘夜急速逃出北京城，经过四天四夜的急速行军，皇帝终于抵达居庸关下，此时那位御史还没有出关。皇帝和他的随从便在附近一个农民家里过了一夜，等到第二天御史终于出关，朱厚照火速出关，临行前将谷大用留下镇守居庸关，并交待了谷大用一件事情，那就是对于任何试图从这里通过的文官都不要开关放行。
　　
　　皇帝这回彻底自由了，他跟文官彻底脱离了关系，哪怕这种脱离只是一种短暂的脱离。宣府虽然已经到了长城边上，但这里的繁华与热闹却丝毫不亚于内地，甚至比内地尤胜。朱厚照到宣府来不仅是为了吃喝玩乐，更主要的是要找蒙古人练练拳脚，直接掌控军队。正统年间，瓦剌的也先强大起来，但随着也先被杀，瓦剌式微，成吉思汗的黄金家族又开始在草原上雄起。从成化年间起，鞑靼部进入河套，经过成化、弘治两朝的不断战争，蒙古人又断断续续退出河套。正德朝鞑靼部在达延汗巴图蒙克的带领下不断袭扰宣府，这个巴图蒙克明人又称他小王子，属于黄金家族成员，而朱厚照要对付的就是他，这是黄金家族和朱明后裔的一次面对面的互搏。
　　
　　京城的文官不仅被限制进出居庸关，而且被限制离开京城，以免文官们干预皇帝的行为，不久，文官们收到边关一份以“总督军务威武大将军总兵官朱寿”名义要求调兵和征集粮草准备打仗的命令，文官们都被搞懵了，他们不知道所以然。这位朱寿是谁？威武大将军是谁？但人们很快反应过来了，他就是皇帝本人，皇帝自己封自己为将军，以便更直接指挥军队。
　　
　　皇帝来到宣府不久，小王子带着五万骑兵开始向大同逼来，皇帝亲率增援军队向大同驶来，宣府和大同的明军会合在一起达六万人，双方皆向大同府应州县汇集。正德十二年（1517年）十月二十一日应州会战爆发，双方主力从清晨战至傍晚，明军发起一次又一次冲锋，永乐时代似乎又回来了，朱厚照骑在战马上抡着战刀跟着他的士兵一起砍人，眼见皇帝跟着自己一起冲锋，这些明军像打了鸡血一样兴奋。战斗至傍晚，小王子不敌，便带着军队退出了战场。
　　
　　应州一战使我们的这位皇帝荣耀到了极点，他的人生理想终于得以实现，此时他不再是一个居住在紫禁城的无聊皇帝，而是敢在战场上冲锋的将军，直接控制军队的皇帝。
　　
　　随后正德皇帝返回了宣府，一直到第二年的二月份皇帝才决定返回京城。他下令在京的所有文武百官皆去城门外迎接，皇帝的军队于半夜到达德胜门外，已经在寒风中等候一整天的文武大臣已经不堪其负。皇帝兴致盎然的回到京城，他亲口对官员们说自己亲手杀死一名蒙古人，文官们拒绝承认此次的应州大捷。虽然皇帝不断坚称真的有一位威武大将军朱寿，而且他就在军中，此次应州之战全凭这位朱寿指挥有方，但文官集团拒绝承认有这么一位人。皇帝下令封这位朱寿为镇国公，年俸5000石，全体文官昏倒。