京师大学堂毕竟是改革的产物，学生们自认为应该继承太学传统，以天下兴亡为己任。1903年，俄国对东北提出领土要求。京师大学堂学生不顾高压，集会抗议，组织“抗俄铁血会”。他们要学古代太学生，“伏阙上书”，这便是北大历史上第一次学潮。从此以后，北大总是跟政治风潮密不可分。
　　
　　第二年，京师大学堂派出第一批留学生。1905年，国子监和科举制度寿终正寝，京师大学堂完完整整成为晚清唯一的最高学府，下分文、法、理、工、农、商、医7个学院。此外，它还负责管理其他学校，编译教科书，绝非一般意义上的普通大学。
　　
　　京师大学堂出过不少大名鼎鼎的人物，比如说，植物分类学在中国的奠基人胡先骕博士，还有司法部长张耀曾教授。不过，总的来说，京师大学堂还是国子监的变种继承。许多学生是八旗贵族，每个学生带一个听差，上学只是为了升官发财。那时上体育课，老师要给学生先鞠一个躬，喊一声“老爷”，然后再恭恭敬敬地喊，“老爷，向左转”，“老爷，向右转”！
　　
　　除了校政陈腐，经费不足也是大问题。严复当校长的时候，教育部以缺少经费和管理不善为由，建议停办北大。年近六十岁的严复四处奔走，筹措资金，北大才得以维持。
　　
　　严复对北大进行了初步改革，废除尊孔读经。不过，蔡元培执掌北大之前，北大并不是新思想和新文化的中心，而是学生们升官发财的一截梯子。蔡元培的贡献在于，他把改革不彻底的北大，变成了学术至上的大学。每年，它都通过择优录取的方式，获得合理的求学者。如今这种勤学苦读的场面，早在80年前，就已经形成，这正是蔡元培校长苦心经营的。
　　
　　当年北京人曾经调侃，说常常光顾八大胡同的，大多是“两院一堂”的人。“八大胡同”是老北京的红灯区，“两院”指的是民国参众两院，“一堂”指的就是京师大学堂！
　　
　　——历史学家顾颉刚
　　
　　严复辞职后的三年，北大校长换了三位，北大还是北大，师学们一边教书学习，一边逛八大胡同，一边还关心着政治。
　　
　　从洋务运动、戊戌变法到袁世凯称帝，一直盛行一种思潮——想通过国家的力量、强权的力量最大限度地实行社会总动员，建立一个统一、富强、独立的国家——这么一条思路，我们把它叫做“国家主义思潮”。也就是为了国家的独立和富强，必须牺牲个人的自由。在这样的背景下，“尊孔教”被提了出来。
　　
　　——北大中文系教授钱理群
　　
　　1907年，鲁迅在《文化偏执论》中讨论怎样实现国家现代化，认为光有国会不行，光有物质不行，要“立人”，而且要“排众数而任个人”。鲁迅这篇文章发表后，个人主义思潮和科学精神暗暗涌动，开始动摇专制原则。
　　
　　1913年，中国出现了一次留美高潮。两年后，留学生创办《科学》杂志，第一次使用横排版，第一次使用标点符号。陈独秀在《爱国心与自觉心》中说，爱国不是爱军阀国家，要提高老百姓的自觉性，必须兴办杂志。
　　
　　李大钊比较法俄革命，认为法国革命是“国家主义”，俄国革命是“爱人”，中国应该走俄国道路。留美学生胡适也写文章说，一个国家没有军舰不要紧，但不能没有大学。