按一般的道理，一个老人白手起家，用五六十多年时间，把一个小村庄搞成巨型企业，产值数百亿，应该赢得尊重。但为何近年来对华西村的质疑声四起？主要争议如下：
　　
　　其一是集体经济争议。经过文革吃大锅饭式的农村集体经济瞎折腾，“集体经济”其实已经标签化、污名化，集体经济等同于大锅饭、低效率。所以当华西村被归之于靠集体经济致富的模式时，自然会引来众多质疑。其实华西村的集体经济与文革时全国普遍搞的集体经济已差异巨大，如果华西村真是还在搞文革式的集体经济，估计它也早就象当时的无数样板村一样云飞雾散。吴仁保聪明之处在于会永远站在时代的最前列，他的集体经济模式其实与今天现代公司制下的员工持股、管理层持股很类似，只不过华西村这个大公司的员工被界定为原核心村民。这样的改革既保留了社区治理优势，又引入现代管理，比完全西化的所谓产权明晰更高明更有价值。苏南不少的乡镇企业按所谓产权明晰进行转制，大量的社区资产被少数村领导人完全私人占领，在一个资源极为紧缺的小村庄，这样做其实更恶劣。所以华西村没有把社区财产私分，而是让村民持股，应该属于股份经济，走共同富裕之路。村庄原居民因为这些股份，随着村庄的壮大也都住上了洋房、资产数百万。这样做其实也解决了美国模式都没有解决的问题，也是我国目前存在的普遍问题：那就是完全私有化的经济其贫富差异越拉越大，少数人拥有海量财富，大部分人贫穷。对于一个村庄来讲，这样的结果其实更恶劣，走公共富裕，并不是吃大锅饭。
　　
　　其二是儿子接班争议。吴仁宝退休时把大位传给了儿子，对于受过西式教育的国内传媒记者来讲，这样做基本上就被等同于朝鲜的金氏家族了。其实了解农村的人都知道，吴仁宝这样做在农村应该是主流。虽然我国城市居民早已不能容忍家族政治，但农村完全是另外一个世界：讲究传承，儿子接班是名正言顺。记得在浙江见一资产过15亿的家族企业，创始人在谈到接班问题时却老泪纵横，他的问题是儿子看不上他的低赢利企业不愿意接班，争发他的痛苦。按城里人的规则，儿子不接班很正常，找职业经理人不就齐了。但在农村，那会认为是无后了，不能传承下去了，无后就是大问题了。所以如果吴仁保如果真是让别人的儿子接班了，传媒记者满意了，但估计最利益攸关的华西村村民会不干了。因为这样做在华西村引起的争议会更大，它脱离了农村的文化环境与习俗。这个现象也可归究于城乡文化差异吧。
　　
　　其三是家族大股争议。吴氏家族占多少比例问题也一直被炒作，其实华西村应该是一个村庄家族巨型企业，家族的人参与管理也容易被村民信股，毕竟这个家族的人一手把企业从小做大。换成其他人不一定得到信服。